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101 Quick Start

Running brainome in five easy steps:

  1. Install brainome via pip

  2. Download data sets

  3. Create your first predictor

  4. Validate the model

  5. Making predictions on new data

1. Install brainome via pip

Pip will automatically include dependencies.

!python3 -m pip install brainome
print("\n\nChecking brainome version number:")
!brainome --version
Collecting brainome
  Downloading brainome-1.8.120-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl (2.3 MB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/2.3 MB ? eta -:--:--
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━ 2.1/2.3 MB 62.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 2.3/2.3 MB 49.8 MB/s eta 0:00:00
?25hRequirement already satisfied: numpy>=1.20.0 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from brainome) (1.22.3)
Requirement already satisfied: Jinja2>=3.0.0 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from brainome) (3.0.3)
Requirement already satisfied: certifi>=2021.10.8 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from brainome) (2021.10.8)
Collecting torch>=1.4.0
  Downloading torch-1.11.0-cp39-cp39-manylinux1_x86_64.whl (750.6 MB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/750.6 MB ? eta -:--:--
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     ╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 19.3/750.6 MB 112.6 MB/s eta 0:00:07
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     ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 143.2/750.6 MB 150.4 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 148.5/750.6 MB 155.0 MB/s eta 0:00:04
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     ━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 157.1/750.6 MB 121.9 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 162.1/750.6 MB 124.7 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 167.5/750.6 MB 137.3 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 172.6/750.6 MB 146.0 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 177.3/750.6 MB 135.5 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 182.0/750.6 MB 132.7 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 187.1/750.6 MB 137.9 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 191.9/750.6 MB 138.7 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 197.0/750.6 MB 136.3 MB/s eta 0:00:05
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     ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 215.7/750.6 MB 129.5 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 220.4/750.6 MB 129.9 MB/s eta 0:00:05
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     ━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 242.9/750.6 MB 124.2 MB/s eta 0:00:05
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     ━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 259.5/750.6 MB 175.7 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 263.8/750.6 MB 142.3 MB/s eta 0:00:04
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     ━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 272.7/750.6 MB 119.1 MB/s eta 0:00:05
     ━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 277.2/750.6 MB 122.1 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 281.7/750.6 MB 123.1 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 286.2/750.6 MB 125.2 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 290.3/750.6 MB 121.6 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 294.9/750.6 MB 123.5 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 299.6/750.6 MB 129.3 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 304.4/750.6 MB 133.2 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 309.2/750.6 MB 135.9 MB/s eta 0:00:04
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     ━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 319.4/750.6 MB 140.0 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 324.4/750.6 MB 149.9 MB/s eta 0:00:03
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 333.7/750.6 MB 131.7 MB/s eta 0:00:04
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 352.1/750.6 MB 132.7 MB/s eta 0:00:04
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 356.1/750.6 MB 125.7 MB/s eta 0:00:04
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 383.9/750.6 MB 137.8 MB/s eta 0:00:03
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━ 411.2/750.6 MB 138.7 MB/s eta 0:00:03
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━ 465.7/750.6 MB 137.2 MB/s eta 0:00:03
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━ 499.6/750.6 MB 134.1 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━ 503.6/750.6 MB 118.5 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━ 507.8/750.6 MB 114.6 MB/s eta 0:00:03
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━ 520.3/750.6 MB 117.2 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━ 524.5/750.6 MB 114.0 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━ 529.4/750.6 MB 120.9 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━ 532.9/750.6 MB 111.2 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━ 537.1/750.6 MB 110.8 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━ 541.0/750.6 MB 113.3 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━ 544.7/750.6 MB 101.1 MB/s eta 0:00:03
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━ 548.8/750.6 MB 102.4 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━ 553.0/750.6 MB 109.0 MB/s eta 0:00:02
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━ 557.3/750.6 MB 117.3 MB/s eta 0:00:02
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━ 571.4/750.6 MB 122.6 MB/s eta 0:00:02
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━ 593.7/750.6 MB 161.9 MB/s eta 0:00:01
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━ 618.1/750.6 MB 151.6 MB/s eta 0:00:01
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━ 641.9/750.6 MB 172.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━ 647.9/750.6 MB 171.4 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━ 654.0/750.6 MB 170.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━ 660.1/750.6 MB 167.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━ 666.3/750.6 MB 174.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━ 672.8/750.6 MB 169.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━ 675.1/750.6 MB 122.8 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━ 679.2/750.6 MB 111.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━ 685.3/750.6 MB 140.2 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━ 689.1/750.6 MB 148.6 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━ 692.2/750.6 MB 111.8 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━ 695.2/750.6 MB 92.6 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━ 698.8/750.6 MB 87.2 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━ 705.4/750.6 MB 139.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━ 713.0/750.6 MB 182.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━ 718.3/750.6 MB 163.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━ 724.8/750.6 MB 166.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━ 730.1/750.6 MB 163.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺ 735.2/750.6 MB 151.6 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺ 740.4/750.6 MB 149.6 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 745.7/750.6 MB 152.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
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     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 750.6/750.6 MB 157.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 750.6/750.6 MB 1.3 MB/s eta 0:00:00
?25h
Collecting scikit-learn<=0.24.2,>=0.22.1
  Downloading scikit_learn-0.24.2-cp39-cp39-manylinux2010_x86_64.whl (23.8 MB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/23.8 MB ? eta -:--:--
     ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 6.4/23.8 MB 192.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 12.6/23.8 MB 179.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━ 18.4/23.8 MB 167.8 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 23.8/23.8 MB 173.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 23.8/23.8 MB 173.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 23.8/23.8 MB 73.8 MB/s eta 0:00:00
?25h
Requirement already satisfied: packaging in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from brainome) (21.3)
Requirement already satisfied: requests in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from brainome) (2.27.1)
Collecting xgboost==1.4.2
  Downloading xgboost-1.4.2-py3-none-manylinux2010_x86_64.whl (166.7 MB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/166.7 MB ? eta -:--:--
     ━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 5.8/166.7 MB 174.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 11.9/166.7 MB 173.2 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 18.2/166.7 MB 177.4 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 24.5/166.7 MB 180.8 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 30.9/166.7 MB 180.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 37.3/166.7 MB 182.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 43.5/166.7 MB 180.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 49.7/166.7 MB 176.8 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 56.2/166.7 MB 181.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 62.4/166.7 MB 181.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 68.8/166.7 MB 181.4 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 75.2/166.7 MB 176.6 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 81.5/166.7 MB 180.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━ 87.8/166.7 MB 180.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━ 94.2/166.7 MB 180.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━ 100.6/166.7 MB 184.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━ 107.0/166.7 MB 183.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━ 113.5/166.7 MB 182.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━ 120.0/166.7 MB 185.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━ 126.3/166.7 MB 182.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━ 132.9/166.7 MB 184.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━ 139.3/166.7 MB 185.9 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━ 145.5/166.7 MB 180.1 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━ 151.7/166.7 MB 178.2 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━ 158.0/166.7 MB 178.4 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺ 164.4/166.7 MB 181.5 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 166.7/166.7 MB 178.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 166.7/166.7 MB 11.1 MB/s eta 0:00:00
?25h
Collecting scipy
  Downloading scipy-1.8.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (42.1 MB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/42.1 MB ? eta -:--:--
     ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 5.4/42.1 MB 162.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 11.3/42.1 MB 166.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 17.3/42.1 MB 169.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━ 23.2/42.1 MB 169.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━ 29.4/42.1 MB 173.3 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━ 35.4/42.1 MB 170.0 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 41.6/42.1 MB 177.4 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 42.1/42.1 MB 172.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 42.1/42.1 MB 172.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 42.1/42.1 MB 172.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 42.1/42.1 MB 172.7 MB/s eta 0:00:01
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 42.1/42.1 MB 51.3 MB/s eta 0:00:00
?25h
Requirement already satisfied: MarkupSafe>=2.0 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from Jinja2>=3.0.0->brainome) (2.1.0)
Collecting threadpoolctl>=2.0.0
  Downloading threadpoolctl-3.1.0-py3-none-any.whl (14 kB)
Collecting joblib>=0.11
  Downloading joblib-1.1.0-py2.py3-none-any.whl (306 kB)
?25l     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/307.0 KB ? eta -:--:--
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 307.0/307.0 KB 60.4 MB/s eta 0:00:00
?25h
Collecting typing-extensions
  Downloading typing_extensions-4.1.1-py3-none-any.whl (26 kB)
Requirement already satisfied: pyparsing!=3.0.5,>=2.0.2 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from packaging->brainome) (3.0.7)
Requirement already satisfied: idna<4,>=2.5 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from requests->brainome) (3.3)
Requirement already satisfied: urllib3<1.27,>=1.21.1 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from requests->brainome) (1.26.8)
Requirement already satisfied: charset-normalizer~=2.0.0 in /opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages (from requests->brainome) (2.0.12)
Installing collected packages: typing-extensions, threadpoolctl, scipy, joblib, xgboost, torch, scikit-learn, brainome
Successfully installed brainome-1.8.120 joblib-1.1.0 scikit-learn-0.24.2 scipy-1.8.0 threadpoolctl-3.1.0 torch-1.11.0 typing-extensions-4.1.1 xgboost-1.4.2
WARNING: You are using pip version 22.0.3; however, version 22.0.4 is available.
You should consider upgrading via the '/opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/bin/python3 -m pip install --upgrade pip' command.

Checking brainome version number:
/opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages/xgboost/compat.py:31: FutureWarning: pandas.Int64Index is deprecated and will be removed from pandas in a future version. Use pandas.Index with the appropriate dtype instead.
  from pandas import MultiIndex, Int64Index
brainome v1.8-120-prod

Troubleshooting installation

Sometimes pip requires --user parameter in order to install successfully:

python3 -m pip install brainome --user

2. Download this tutorial’s data sets.

The titanic data set is a commonly used for introduction to data science. It is a passenger manifest of the Titanic including whether they survived the disaster or not. For more information, refer to kaggle.com/c/titanic

import urllib.request as request
response1 = request.urlretrieve('https://download.brainome.ai/data/public/titanic_train.csv', 'titanic_train.csv')
response2 = request.urlretrieve('https://download.brainome.ai/data/public/titanic_validate.csv', 'titanic_validate.csv')
response3 = request.urlretrieve('https://download.brainome.ai/data/public/titanic_predict.csv', 'titanic_predict.csv')
%ls -lh titanic_train.csv titanic_validate.csv titanic_predict.csv
-rw-r--r-- 1 runner docker  858 Mar 12 21:05 titanic_predict.csv
-rw-r--r-- 1 runner docker  57K Mar 12 21:05 titanic_train.csv
-rw-r--r-- 1 runner docker 5.8K Mar 12 21:05 titanic_validate.csv

Preview training data

The goal of the training is to predict which passenger survived the diaster.

The passenger roster contains 11 features (PassengerId, Cabin_Class, Name, etc) for 800 passengers that can be used to create a model. Hence, the target column is ‘Survived’.

You can download the training data at titanic_train.csv

# preview uses pandas to read and display csv data
%pip install pandas --quiet
import pandas as pd
pd.read_csv('titanic_train.csv')
WARNING: You are using pip version 22.0.3; however, version 22.0.4 is available.
You should consider upgrading via the '/opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/bin/python3 -m pip install --upgrade pip' command.

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.
PassengerId Cabin_Class Name Sex Age Sibling_Spouse Parent_Children Ticket_Number Fare Cabin_Number Port_of_Embarkation Survived
0 1 3 Braund, Mr. Owen Harris male 22.0 1 0 A/5 21171 7.2500 NaN S died
1 2 1 Cumings, Mrs. John Bradley (Florence Briggs Th... female 38.0 1 0 PC 17599 71.2833 C85 C survived
2 3 3 Heikkinen, Miss. Laina female 26.0 0 0 STON/O2. 3101282 7.9250 NaN S survived
3 4 1 Futrelle, Mrs. Jacques Heath (Lily May Peel) female 35.0 1 0 113803 53.1000 C123 S survived
4 5 3 Allen, Mr. William Henry male 35.0 0 0 373450 8.0500 NaN S died
... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
795 796 2 Otter, Mr. Richard male 39.0 0 0 28213 13.0000 NaN S died
796 797 1 Leader, Dr. Alice (Farnham) female 49.0 0 0 17465 25.9292 D17 S survived
797 798 3 Osman, Mrs. Mara female 31.0 0 0 349244 8.6833 NaN S survived
798 799 3 Ibrahim Shawah, Mr. Yousseff male 30.0 0 0 2685 7.2292 NaN C died
799 800 3 Van Impe, Mrs. Jean Baptiste (Rosalie Paula Go... female 30.0 1 1 345773 24.1500 NaN S died

800 rows × 12 columns

3. Create your first predictor

In its simplest invocation, brainome will automatically measure your data, identify the best model, build it, train it, and validate it.

It will automatically split your data into training and validation.

The output is python source code in predictor_101.py.

!brainome titanic_train.csv --yes -o predictor_101.py
/opt/hostedtoolcache/Python/3.9.10/x64/lib/python3.9/site-packages/xgboost/compat.py:31: FutureWarning: pandas.Int64Index is deprecated and will be removed from pandas in a future version. Use pandas.Index with the appropriate dtype instead.
  from pandas import MultiIndex, Int64Index
Brainome Table Compiler v1.8-120-prod
Copyright (c) 2019-2022 Brainome, Inc. All Rights Reserved.
Licensed to:                 Demo User  (Evaluation)
Expiration Date:             2022-12-12   275 days left
Maximum File Size:           100 MB
Maximum Instances:           20000
Maximum Attributes:          100
Maximum Classes:             unlimited
Connected to:                daimensions.brainome.ai  (local execution)

Command:
    btc titanic_train.csv --yes -o predictor_101.py

Start Time:                 03/12/2022, 21:05 UTC

Cleaning...-done. 
Splitting into training and validation...-
done. 
Pre-training measurements...-
/
|
\
-
/
|done. 
Pre-training Measurements
Data:
    Input:                      titanic_train.csv
    Target Column:              Survived
    Number of instances:        800
    Number of attributes:        11 out of 11
    Number of classes:            2

Class Balance:                
                            died: 61.50%
                        survived: 38.50%

Learnability:
    Best guess accuracy:          61.50%
    Data Sufficiency:             Maybe enough data to generalize. [yellow]

Capacity Progression:             at [ 5%, 10%, 20%, 40%, 80%, 100% ]
    Ideal Machine Learner:              6,   7,   8,   8,   9,   9


Expected Accuracy:              Training            Validation
    Decision Tree:               100.00%                52.50%
    Neural Network:                 ----                  ----
    Random Forest:               100.00%                80.25%
Recommendations:
    Warning: Data has high information density. Using effort 5 and larger ( -e 5 ) can improve results.
    If predictor accuracy is insufficient, try using the option -rank to automatically select the important attributes.
    We recommend using Random Forest -f RF.
    If predictor accuracy is insufficient, try using the effort option -e with a value of 5 or more to increase training time.
    Defaulting to RF model. Model can be forced with -f parameter. 


Building classifier...-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
|
\
-
/
done. 
Compiling predictor...-done. 
Validating predictor...-
/
|
\
-
/
done. 
Predictor:                        predictor_101.py
    Classifier Type:              Random Forest
    System Type:                  Binary classifier
    Training / Validation Split:  60% : 40%
    Accuracy:
      Best-guess accuracy:        61.50%
      Training accuracy:          86.84% (416/479 correct)
      Validation Accuracy:        80.99% (260/321 correct)
      Combined Model Accuracy:    84.50% (676/800 correct)


    Model Capacity (MEC):         41    bits
    Generalization Ratio:          9.74 bits/bit
    Percent of Data Memorized:    20.84%
    Resilience to Noise:          -1.01 dB







    Training Confusion Matrix:
              Actual | Predicted
              ------ | ---------
                died |  279   16 
            survived |   47  137 

    Validation Confusion Matrix:
              Actual | Predicted
              ------ | ---------
                died |  175   22 
            survived |   39   85 

    Training Accuracy by Class:
            Survived |   TP   FP   TN   FN     TPR      TNR      PPV      NPV       F1       TS 
            -------- | ---- ---- ---- ---- -------- -------- -------- -------- -------- --------
                died |  279   47  137   16   94.58%   74.46%   85.58%   89.54%   89.86%   81.58%
            survived |  137   16  279   47   74.46%   94.58%   89.54%   85.58%   81.31%   68.50%

    Validation Accuracy by Class:
            Survived |   TP   FP   TN   FN     TPR      TNR      PPV      NPV       F1       TS 
            -------- | ---- ---- ---- ---- -------- -------- -------- -------- -------- --------
                died |  175   39   85   22   88.83%   68.55%   81.78%   79.44%   85.16%   74.15%
            survived |   85   22  175   39   68.55%   88.83%   79.44%   81.78%   73.59%   58.22%


    Attribute Ranking:
                                      Feature | Relative Importance
                                          Sex :   0.4912
                                  Cabin_Class :   0.1242
                                 Cabin_Number :   0.0664
                              Parent_Children :   0.0599
                                          Age :   0.0599
                                Ticket_Number :   0.0414
                                         Fare :   0.0379
                                  PassengerId :   0.0332
                               Sibling_Spouse :   0.0298
                                         Name :   0.0288
                          Port_of_Embarkation :   0.0273
         



End Time:           03/12/2022, 21:05 UTC
Runtime Duration:   8s

Open predictor_101.py to browse the predictor’s source code. Notice it is on the order of 38k bytes.

%ls -lh predictor_101.py
%pycat predictor_101.py
-rw-r--r-- 1 runner docker 35K Mar 12 21:05 predictor_101.py

4. Validate the model

Running your predictor on an unseen data set demonstrates its effectiveness.

You can download the validation data at titanic_validate.csv

!python3 predictor_101.py -validate titanic_validate.csv
Classifier Type:                    Random Forest
System Type:                        2-way classifier

Accuracy:
    Best-guess accuracy:            61.25%
    Model accuracy:                 81.25% (65/80 correct)
    Improvement over best guess:    20.00% (of possible 38.75%)

Model capacity (MEC):               41 bits
Generalization ratio:               1.52 bits/bit

Confusion Matrix:

      Actual | Predicted
    -------- | ---------
        died |  44   5 
    survived |  10  21 

Accuracy by Class:

      target | TP  FP  TN  FN      TPR      TNR      PPV      NPV       F1       TS
    -------- | --  --  --  --  -------  -------  -------  -------  -------  -------
        died | 44  10  21   5    89.80%    67.74%    81.48%    80.77%    85.44%    74.58%
    survived | 21   5  44  10    67.74%    89.80%    80.77%    81.48%    73.68%    58.33%

5. Making predictions on new data

Run your predictor on an unlabeled data set to generate predictions for other passengers.

You can download the prediction data at titanic_predict.csv

!python3 predictor_101.py titanic_predict.csv > predictions_101.csv
pd.read_csv('predictions_101.csv')
PassengerId Cabin_Class Name Sex Age Sibling_Spouse Parent_Children Ticket_Number Fare Cabin_Number Port_of_Embarkation Prediction
0 881 2 Shelley, Mrs. William (Imanita Parrish Hall) female 25.0 0 1 230433 26.0000 NaN S survived
1 882 3 Markun, Mr. Johann male 33.0 0 0 349257 7.8958 NaN S died
2 883 3 Dahlberg, Miss. Gerda Ulrika female 22.0 0 0 7552 10.5167 NaN S died
3 884 2 Banfield, Mr. Frederick James male 28.0 0 0 C.A./SOTON 34068 10.5000 NaN S died
4 885 3 Sutehall, Mr. Henry Jr male 25.0 0 0 SOTON/OQ 392076 7.0500 NaN S died
5 886 3 Rice, Mrs. William (Margaret Norton) female 39.0 0 5 382652 29.1250 NaN Q died
6 887 2 Montvila, Rev. Juozas male 27.0 0 0 211536 13.0000 NaN S died
7 888 1 Graham, Miss. Margaret Edith female 19.0 0 0 112053 30.0000 B42 S survived
8 889 3 Johnston, Miss. Catherine Helen Carrie" female NaN 1 2 W./C. 6607 23.4500 NaN S survived
9 890 1 Behr, Mr. Karl Howell male 26.0 0 0 111369 30.0000 C148 C died
10 891 3 Dooley, Mr. Patrick male 32.0 0 0 370376 7.7500 NaN Q died